COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 8.369767 6.180295 7.132725
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 6.923482
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 6.659163
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 6.431881
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 6.184224
2020-10-09 17:00:00 6.901159 6.901159 5.903385
2020-10-08 17:00:00 6.462274 6.462274 5.626396

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 7.520216
2020-10-13 17:00:00 8.133705 10.252809 7.276614
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 7.036807
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 6.691922
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 6.381009
2020-10-09 17:00:00 7.002039 7.002039 6.043078
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 5.662925

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 1.463333
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.831601 1.436722
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.210121 1.473813
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.505719
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.635514 1.710631
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.773426
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 1.909317

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 1.988882
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 1.903764
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 1.820588
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 1.733073
2020-10-10 17:00:00 2.671906 1.159136 1.654147
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.947149 1.571541
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.483154

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 9.157505
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 9.183833
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.260984
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 9.191396
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 9.113737
2020-10-09 17:00:00 9.777495 9.777495 8.986863
2020-10-08 17:00:00 9.593207 9.593207 8.759761

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 4.319572 6.430197 6.589879
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 6.336136
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 6.252824
2020-10-11 17:00:00 8.283003 8.283003 6.033922
2020-10-10 17:00:00 6.981407 6.981407 5.847979
2020-10-09 17:00:00 5.456702 5.456702 5.519009
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 5.270985

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 6.557050
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 6.413867
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 6.293128
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 6.118719
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 5.913294
2020-10-09 17:00:00 8.984615 8.984615 5.659448
2020-10-08 17:00:00 4.886717 4.886717 5.386488

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 4.918033 3.491532 3.451879
2020-10-13 17:00:00 4.715368 3.127290 3.454499
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 3.435578
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.410782
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.371556
2020-10-09 17:00:00 3.739492 3.739492 3.331001
2020-10-08 17:00:00 3.710978 3.710978 3.302088

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 17.779961 10.044204 10.548976
2020-10-13 17:00:00 16.635653 11.005053 10.494302
2020-10-12 17:00:00 25.375171 10.668196 10.528407
2020-10-11 17:00:00 23.436551 11.293260 10.477735
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 10.271290
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 10.061474
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 9.804196

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 10.026643 5.478223 6.998281
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 6.763771
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 6.446383
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 6.182323
2020-10-10 17:00:00 7.999439 7.999439 5.875628
2020-10-09 17:00:00 6.003787 6.003787 5.523778
2020-10-08 17:00:00 5.494329 5.494329 5.102656

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 9.341587 4.670793 6.242534
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 6.112605
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 5.856708
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 5.736240
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 5.570526
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 5.368403
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 5.137094

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 5.056180 3.805497 2.099844
2020-10-13 17:00:00 9.333333 1.904762 1.982229
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 1.841608
2020-10-11 17:00:00 5.944798 2.123142 1.829464
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 1.698507
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.335456 1.598022
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 1.477962

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 10.239198
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 9.731180
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 9.384389
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 9.040783
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 8.538104
2020-10-09 17:00:00 10.855683 10.855683 7.981571
2020-10-08 17:00:00 6.250000 6.250000 7.390868

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 7.839676
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 7.923964
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.387097 8.139843
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.096879
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.225879
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.105800
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.082214

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 12.221725
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 11.765222
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 11.567370
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 10.976503
2020-10-10 17:00:00 9.834450 9.834450 10.561295
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 10.185408
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 9.641355

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 9.090909 5.887446 6.031034
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.489478 5.907851
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.851669 5.886934
2020-10-11 17:00:00 11.355115 6.639524 5.967822
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 5.912052
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 5.798922
2020-10-08 17:00:00 8.044113 8.044113 5.689842

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 7.492402
2020-10-13 17:00:00 7.343312 5.940131 7.226539
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 7.153602
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 7.097713
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 6.869826
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.629552
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 6.427354

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 6.537193
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 6.343709
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.856880 6.119695
2020-10-11 17:00:00 10.694995 6.910191 5.941300
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.764110
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 5.551441
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 5.347771

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 7.005642
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 6.808135
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.657477
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 6.405596
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 6.145960
2020-10-09 17:00:00 6.617345 6.617345 5.888809
2020-10-08 17:00:00 5.556466 5.556466 5.595659

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 7.888889
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.655752
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.599788
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.476192
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 7.243022
2020-10-09 17:00:00 9.698137 9.698137 7.067003
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 6.256983 6.814278

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 18.579518
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 17.840793
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 17.295911
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 16.469957
2020-10-10 17:00:00 28.205128 28.205128 15.447063
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 14.616818
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 13.351471

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 10.119341
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 9.755861
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 9.569867
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 9.135027
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 8.489840
2020-10-09 17:00:00 11.177907 11.177907 7.735777
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 7.144654

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.848315 8.848315 7.520216
Basilicata 0.929752 0.929752 1.463333
Calabria 2.464066 2.464066 1.988882
Campania 10.114999 10.114999 9.157505
Emilia-Romagna 4.319572 6.430197 6.589879
Friuli Venezia Giulia 7.407407 7.407407 6.557050
Lazio 4.918033 3.491532 3.451879
Liguria 17.779961 10.044204 10.548976
Lombardia 10.026643 5.478223 6.998281
Marche 9.341587 4.670793 6.242534
Molise 5.056180 3.805497 2.099844
P.A. Bolzano 17.366947 17.366947 10.239198
P.A. Trento 5.078809 5.078809 7.839676
Piemonte 25.240263 25.240263 12.221725
Puglia 9.090909 5.887446 6.031034
Sardegna 6.259620 6.259620 7.492402
Sicilia 8.329540 8.329540 6.537193
Toscana 7.765024 7.765024 7.005642
Umbria 7.106855 7.106855 7.888889
Valle d'Aosta 27.205882 27.205882 18.579518
Veneto 8.025898 8.025898 10.119341

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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